home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00354 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  52 lines
  1. **********************************************
  2. * TonB-dependent receptor proteins signature *
  3. **********************************************
  4.  
  5. In Escherichia coli the tonB protein interacts  with  outer  membrane receptor
  6. proteins that  carry  out high-affinity binding and energy-dependent uptake of
  7. specific substrates  into  the  periplasmic space. These substrates are either
  8. poorly permeable  through  the  porin  channels or are encountered at very low
  9. concentrations. In the absence  of tonB these  receptors bind their substrates
  10. but do not carry out active transport.  The tonB  protein  also interacts with
  11. some colicins.  The  proteins  that  are currently known to interact with tonB
  12. are:
  13.  
  14.   Gene   Function or name
  15.   ----   -------------------------------------------------------------------
  16.   btuB   Receptor for cobalamin.
  17.   cir    Receptor for colicin I (exact substrate not known).
  18.   fecA   Receptor for iron dicitrate.
  19.   fepA   Receptor for ferric enterochelin.
  20.   fhuA   Receptor for ferrichrome-iron.
  21.   fhuE   Receptor for ferric coprogen, ferrioxamine B, and rhodotrulic acid.
  22.   foxA   Receptor for ferrioxamine (Yersinia enterocolitica).
  23.   hemR   Receptor for hemin (Yersinia enterocolitica).
  24.   irgA   Receptor for ferric vibriobactin (Vibrio cholerae).
  25.   iutA   Receptor for ferric aerobactin.
  26.   pfeA   Receptor for ferric enterobactin (Pseudomonas aeruginosa).
  27.   pupA   Receptor for ferric pseudobactin 358 (Pseudomonas putida).
  28.   tbp1   Receptor for transferrin (Neisseria gonorrhoeae).
  29.  
  30.   cba    Colicin B, a channel forming colicin.
  31.   cda    Colicin D.
  32.   cma    Colicin M, inhibitor of murein biosynthesis.
  33.  
  34. All these proteins contain, at their N-terminus,  a short conserved region [1,
  35. 2,3], called the tonB-box, involved in the interaction of the protein with the
  36. tonB protein [4].
  37.  
  38. -Consensus pattern: <x(10,60)-[DEF]-T-[LIVMF]-[LIVSTEQ]-V-x-[AGP]-[STANPK]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  40.  for cda, pfeA and pupA.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 12.
  42. -Last update: June 1994 / Text revised.
  43.  
  44. [ 1] Lundrigan M.D., Kadner R.J.
  45.      J. Biol. Chem. 261:10797-10801(1986).
  46. [ 2] Schramm E., Mende J., Braun V., Kamp R.M.
  47.      J. Bacteriol. 169:3350-3357(1987).
  48. [ 3] Nau C.D., Konisky J.
  49.      J. Bacteriol. 171:1041-1047(1989).
  50. [ 4] Gudmundsdottir A., Bell P.E., Lundrigan M.D., Bradbeer C., Kadner R.J.
  51.      J. Bacteriol. 171:6526-6533(1989).
  52.